|
如何让自己的文章图表更加出彩?分享一个韦恩图和PPI网络图的组合案例复现,如下图左: ![]() 在该案例中,使用韦恩图展示了两个组别中的差异蛋白,以及共同的7种差异蛋白质所对应的PPI。无需任何代码,使用在线工具+STRING即可完成绘制,所有科研人友好! 下面进入今日份图表复现学习~ 首先,韦恩图我们使用OmicShare(引用5000+的交互式在线数据分析可视化工具平台,文章IF 23.7)中的动态韦恩图工具绘制,该工具可轻松完成不同组别的韦恩图,参数配色全都可自由调整。 ![]() 工具链接:https://www.omicshare.com/tools/home/report/reportvenn.html 先准备好所需的绘图数据,以元素数据为例,一列为一组,列名即为组别名称。 ![]() 点击选择文件上传绘图数据,点击提交即可完成分析与绘图。在当前页面下方的结果展示中选择对应项目,可对韦恩图进行参数自定义。如在基本设置中,可修改字体、字号、标题等文本相关参数; ![]() 在图形设置中,可自定义配色、不透明度、描边颜色、描边粗细等图形相关参数。 ![]() 另外,点击韦恩图中的对应区域,在基本设置—分组信息中可提取并下载对应子集中的元素数量和元素名称。这里我们下载交集区域元素到本地。 ![]() 提取的交集元素数据如下: ![]() 韦恩图最终效果如下,下载SVG或PDF格式的矢量图到本地待用。 ![]() 下面我们需要绘制这7个蛋白质的PPI网络图,打开STRING数据库,点击SEARCH。 ![]() 选择Multiple Proteins,将7个蛋白名复制到下方list中,继续点击SEARCH。 ![]() 选择对应物种,点击CONTINUE。 ![]() 即可获取STRING版的PPI网络图。在Settings中可调整参数,如置信度、3D气泡(玻璃珠)样式等;在网络图中可点击拖拽移动,调整节点摆放位置到合适。调整完毕后在Exports中可输出所需格式到本地。 这里我们导出为SVG格式的矢量图到本地,若需要在Cytoscape中绘制更个性化网络图,可导出为TSV格式(第四行)。 ![]() PPI网络图效果如下: ![]() 最后,使用AI(Adobe Illustrator)或PPT等矢量处理软件进行组图和最后的细节修改。以AI为例,新建一张合适尺寸的画板,菜单栏选择文件—置入将绘制完成的韦恩图和PPI网络图导入AI。 ![]() 使用选择工具(黑色箭头)可移动图表位置,长按Shift键同时鼠标拖拽可进行等比例缩放;使用直接选择工具(白色箭头)可精准选中图表中的文本等元素,进行位置移动或在字符面板中调整字体字号。 ![]() 直线段工具绘制一条垂直线,并在右侧描边属性面板中添加箭头。 ![]() 最终绘制效果如下: ![]() 该案例直接使用了STRING的网络图样式,如果想绘制得更加精致,可将网络图数据导入Cytoscape进行美化。好啦,今日分享毕!更多科研干货、绘图技能关注我们不迷路! OmicShare是基迪奥生物旗下,以交互式生信工具、原创组学书籍、生信论坛以及视频教程于一体的生信平台,现170000+科研人注册使用,超5000+篇SCI引用。即刻注册,轻松开启NCS绘图之旅! OmicShare Tools最新方法学文章已发表iMeta: ![]() 发表期刊:iMeta 发表时间:202408 影响因子:23.7 如果您在数据处理过程中使用了OmicShare Tools完成了分析,我们期望您在论文发表时,在方法学部分或致谢部分引用或提及OmicShare平台。 引用OmicShare Tools的参考文献为: Mu, Hongyan, Jianzhou Chen, Wenjie Huang, Gui Huang, Meiying Deng, Shimiao Hong, Peng Ai, Chuan Gao, and Huangkai Zhou. 2024. “OmicShare tools: a Zero‐Code Interactive Online Platform for Biological Data Analysis and Visualization.” iMeta e228. https://doi.org/10.1002/imt2.228 *海量工具使用无门槛:161+工具覆盖99%生命科学期刊发表所需,无需任何编程基础,提交数据即可完成绘图; ![]() *发表级美图直出:顶刊审美,参数/配色可实时交互; ![]() OS注册:https://www.omicshare.com/user/register.php?lang=zh OS工具:https://www.omicshare.com/tools/ OS会员:https://www.omicshare.com/vip/ He, S., Hu, X., Zhu, J. et al. Integrated plasma and vegetation proteomic characterization of infective endocarditis for early diagnosis and treatment. Nat Commun 16, 5052 (2025). https://doi.org/10.1038/s41467-025-60184-8 https://genedenovo.mikecrm.com/n5mj8XD (二维码自动识别) 基迪奥生物|专业定制测序服务 联系方式:020-39341079;service@genedenovo.com *未经许可,不得以任何方式复制或抄袭本篇文章之部分或全部内容。版权所有,侵权必究。 (责任编辑:admin) |




















